Der erste Kirchenpatron St. Johannes Baptist weist auf eine sehr frühe Entstehung der Pfarrei hin. Die später einsetzenden urkundlichen Erwähnungen beginnen in den Jahren 1145 und 1167. Päpstliche Schutzbriefe für das Kloster St. Blasien datieren von 1173 und 1179.
St. Blasius, der zweite Kirchenpatron, erinnert an die mehr als 400-jährige Zugehörigkeit der Pfarrei zum Kloster St. Blasien im Schwarzwald. Im Jahr 1541 verkaufte das Kloster seinen gesamten Besitz in Loppenhausen mit dem Kirchensatz an Margarete von Frundsberg. Später ging das Besetzungsrecht der Pfarrstelle an den Bischof von Augsburg. Mit Pfarrer Geistl. Rat Michael Bäuerle endete im Jahr 1965 die Besetzung der Pfarrei mit einem eigenen Pfarrer. Seit dieser Zeit wird die Pfarrei vikariiert.
