Aus dem 15. Jahrhundert wird überliefert, daß die Salgener Bauern Abt Johann V. von Ottobeuren eine jährliche Abgabe versprachen, da sie eine Kirche zum Teil auf Grundbesitz des Klosters gebaut hatten. Damit verfügen wir über ein Zeugnis kirchlichen Lebens in Salgen aus genanntem Jahrhundert.
1730 errichteten Pfarrer Joseph Eberle aus Pfaffenhausen und die Gemeinde ein Benefizium. Drei Jahre später erhielt man die Erlaubnis, in der Kirche - obwohl nicht Pfarrkirche - das Allerheiligste aufzubewahren.
Seit dem beginnenden 19. Jahrhundert gab es Bestrebungen wie in vielen anderen Gemeinden auch, sich von der Mutterpfarrei Pfaffenhausen zu lösen und nach der kommunalen auch die kirchliche Selbständigkeit zu erlangen. Es dauerte aber noch bis zum Sommer 1883, bis dieses Ziel realisiert werden konnte.
Mit Eduard Staiger ging der letzte Pfarrer Salgens 1975 in den Ruhestand. Er starb ein Jahr später in seiner Heimatstadt Augsburg.